Доходная часть бюджета Фонда в 2016 г. по сравнению с 2015 г. увеличивается на 2,87 млн руб.. (Бюджет фонда в 2013 г. составлял 35,44 млн руб., в 2014 г. – 35,441 млн руб., в 2015 г. – 35,014 млн руб.).

Основная часть расходов Фонда предусмотрена на выполнение двух целевых программ по оказанию медицинской помощи, утвержденных Фондом совместно с Минздравом РА.

На программу «Родовспоможение» направляется 11,012 млн руб.; на программу «Обеспечение
химиотерапии онкологических больных» - 25 млн руб.

Программа «Родовспоможение» предусматривает расходы на: обеспечение беременных женщин, рожениц и новорожденных необходимыми медикаментами и изделиями медицинского назначения (8,895 млн руб.); частичные хозяйственные расходы (кислород, дезинфицирующие средства); детское питание; расходы на обязательное обследование беременных женщин на ВИЧ-инфекции и гепатиты С и В (1,615 млн руб.); обеспечение всех беременных женщин иллюстрированными индивидуальными картами.

По программе «Обеспечение химиопрепаратами онкологических больных» онкологические больные, зарегистрированные в Онкологическом центре, обеспечиваются химиопрепаратами первой и второй линии.

Расходы на содержание аппарата управления Фонда составляют 1,87 млн руб., в том числе по заработной плате – 1,02 млн руб..